Здание музея спроектировано Фрэнком Гери (Frank Gehry), архитектором, самой известной работой которого являются башни Opus Hong Kong, построенные для гонконгского девелопера Swire Properties. Музей Биоразнообразия Панамы стал первым проектом Гери в Латинской Америке.
Музей состоит из самого здания, садов и биосфер, внешний вид которых был создан дизайнером Брюсом Мау совместно с учеными из Смитсоновского института и университета Панамы. Главная задача музея — подчеркнуть чрезвычайное разнообразие панамской природы и ее значение для всего мира.
Этой цели, в частности, служит расположение биологического музея у Тихоокеанского входа в Панамский канал. Таким образом его создатели хотят подчеркнуть важность Панамского перешейка, изменившего лицо мирового биоразнообразия три миллиона лет назад. Панама позиционируется как центр этого глобального изменения, спровоцированного возникновением сухопутного моста между двумя континентами, созданием Гольфстрима и началом миграции огромного числа живых существ. По мнению ученых, все это делает Панаму идеальным местом для создания международного центра изучения мирового биоразнообразия.
Участие в проекте Фрэнка Гери привело к тому, что музей станет еще и весьма необычным сооружением, сочетающим яркие цвета, смелые углы и игривый дизайн, поощряющий посетителей к активности и взаимодействию. По словам дизайнера Брюса Мау, музей «меняет опыт типичного посетителя выставок. Вместо простого снабжения информацией он позволяет гостям самим приходить к ее пониманию в процессе следования тематическим тропам. Экспонаты выходят за рамки простой иллюстрации идеи, становясь функциональной моделью, сближающей науку и искусство».
Уже сейчас в музее функционирует центр для посетителей. Он открыт по субботам и воскресеньям и предлагает гостям ознакомиться с планами и макетами дизайнерских решений, которые будут в нем применены. После открытия в музее появится сразу несколько экспозиций, в том числе «Галерея Биоразнообразия» (Gallery of Biodiversity), «Сеть жизни» (The Web of Life) и панорама под названием «Панамарама» (Panamarama).